约翰斯・霍普金斯大学拥有11个学院，包括：高级国际研究学院、凯瑞商学院、布隆伯格公共卫生学院、怀廷工程学院、医学院、护理学院、克里格艺术与科学学院、教育学院、皮博迪音乐学院、应用物理实验室及政府与政策学院。
约翰霍普金斯大学的专业设置涵盖医学与公共卫生领域、政治与国际关系领域、生物与工程领域、教育学领域等。生物医学、公共卫生、空间科学、国际关系都是约翰霍普金斯大学一直以来的强项。值得一提的是约翰霍普金斯大学医学院在全美第三，与哈佛医学院和斯坦福医学院齐名。
约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院在公共卫生研究、教育和实践方面处于领先地位，目前在100多个国家开展工作。彭博学院在防治疟疾、小儿麻痹症、艾滋病毒/艾滋病、烟草和成瘾等全球公共卫生威胁方面取得了重大进展。
所有学院中以布隆伯格公共卫生学院、保罗·尼采高级国际研究学院、怀廷工程学院及教育学院最为知名。
布隆伯格公共卫生学院（Bloomberg School of Public Health）
成立于1916年，是全球最大的公共卫生学院，长期排名全美第一。设有生物统计学、流行病学、环境卫生等专业，提供MPH、博士及联合学位项目，聚焦全球健康问题、政策制定和疾病防控。与世界卫生组织、美国疾控中心等机构合作，培养公共卫生专家和政策制定者。
保罗·尼采高级国际研究学院（School of Advanced International Studies，SAIS）
成立于1943年，总部位于华盛顿特区，分校区设于意大利博洛尼亚和中国南京。专注于国际关系、政治、经济、外交等领域，提供国际经济、国际政治、区域研究等专业课程，培养全球治理和外交人才。与美国国务院、世界银行等机构合作，毕业生在国际组织、政府和企业中担任重要职务。
凯瑞商学院（Carey Business School）
成立于2007年，专注于商业教育与研究，提供MBA、金融、数据分析等专业课程。全球MBA项目被福布斯评为美国十大创新项目之一，注重跨学科合作与实践能力培养。强调理论与实践结合，课程涵盖商业战略、市场营销、财务管理等领域，培养商业领袖和创新人才。
医学院（School of Medicine）
成立于1893年，是美国顶尖医学院之一，与哈佛医学院齐名。以医学科研、教学和临床实践为核心，开设MD、博士及联合学位项目，涵盖基础医学、临床医学、生物医学工程等领域。教学研究单位约翰·霍普金斯医院是全美最佳医院之一，培养了众多医学专家和诺贝尔奖得主。
怀廷工程学院（Whiting School of Engineering）
成立于1913年，是工程领域的全球领导者，生物医学工程、环境工程等专业排名前列。提供本科、硕士和博士课程，涵盖机械工程、电子工程、计算机科学等领域，注重创新思维和实践能力培养。与产业界合作紧密，推动工程技术创新和应用，培养工程领域专业人才。
克里格艺术与科学学院（Krieger School of Arts and Sciences）
成立于1876年，是文理学院的核心，设有22个系和33个研究中心。提供艺术、人文、自然科学和社会科学等专业课程，注重跨学科研究和批判性思维培养。拥有12位诺贝尔奖得主，写作研讨班、国际研究课程等特色项目闻名全美。
教育学院（School of Education）
前身可追溯到1909年的教师培训学院，2007年独立成院，排名全美前列。提供教育硕士、博士及专业证书课程，聚焦教育政策、教学方法、教育技术等领域，注重实践和研究结合。与马里兰州公立学校合作，培养教育工作者和教育领导者，推动教育改革和创新。
皮博迪音乐学院（Peabody Institute）
成立于1857年，是美国第一所音乐学院，提供音乐表演、音乐教育、音乐理论等专业课程。注重艺术教育和实践，拥有世界一流的音乐师资和设施，培养了众多音乐家和艺术家。与约翰·霍普金斯大学其他学院合作，开展跨学科艺术项目，推动音乐与医疗、教育等领域的融合。
政府与政策学院（School of Government and Policy）
这是JHU自2007年以来第一次新增学院。该学院将以大学近150年来在研究和发现方面的领先地位为基础，同时利用在科学技术、医学和公共卫生以及国际事务方面的现有互补优势，研究和开发创新的、数据驱动的解决方案，以应对当代的更多政策挑战。
应用物理实验室（Applied Physics Laboratory, APL）
美国最大的大学附属研究中心，专注于国家安全、空间科学、导弹防御等领域的研发。
