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东京农工大学是日本国立大学中以农业与工学为核心的特色学校。前身是「蚕業試験掛」，与东京大学农学部，筑波大学生物环境学群生物资源学类都出自「駒場農学校」。如今与京都工艺纤维大学，信州大学并称为“纤维三大学”。
东京农工大学以农学部，工学部2个学部（学院）组成，在日本国内也非常罕见。学生人数较稀少，可实施低师生比的高品质教育。在2019年QS排名中农林学领域排在日本第3。
重视“工农联合”， 擅长生命、环境、能源、食品、信息技术等领域的融合研究。例如，“智能农业”和“环保材料开发”等现实社会课题。
